倪光南生平有两次大展宏图的机会，一次是在遐想，另一次便是方舟科技。
倪光南院士当年在遐想集团是高等工程师，话语权跟柳传志差不多。柳传志的想法是让遐想集团走“贸工技”路线，先依赖遐想弘大的市场份额，大力发展制造业，进一步扩大上风，然后再考虑自主技能的研发。
而倪光南的想法跟柳传志截然不同，他支持在遐想有能力有资金的条件下进行技能发展，依赖自主技能在市场上面占到更大的话语权，也便是俗称的“技工贸”路线。
两人的思路分歧一，造成了严重不合，随着两人的积怨越来越深，柳传志把倪光南逐出了遐想集团。
这是倪光南院士发展自主技能的第一次失落败，败给了柳传志和遐想集团。
在离开遐想之后，倪光南碰上了李德磊在为他的芯片设计团队找新业务。李德磊团队曾经给摩托罗拉和日立做芯片设计外包，倪光南以为他能在这个团队中实现自己的技能梦想，于是他加入了李德磊团队。
倪光南认为，如果海内团队立即研发高性能CPU，那么不但技能难度大，而且市场推广难度更大。如果转做嵌入式芯片加上Linux操作系统，那么难度会降落很多，成功率也会高不少。
李德磊团队具备设计嵌入式CPU的能力，以是倪光南就拉来了2000多万的资助，准备背水一战。
2001年4月，中国第一款自主设计研发的32位CPU，“方舟1号”现世。
方舟1号基于Linux系统开拓并建立在RISC指令集上，绕开了x86架构和指令集的垄断。在当时的媒体中，大家都称呼方舟1号改写了中国无芯的历史。
由于绕开了x86架构，以是方舟1号不兼容Windows系统和办公软件。这就导致了搭载方舟1号的产品在用户体验和兼容度上面较差，哪怕有政府和学校的订单，在推进方舟1号的市场霸占率上面也没有什么转机。
随后，李德磊通过倪光南和方舟1号赚到钱之后草草停止，宣告停滞方舟芯片的研发，转身投入3000多万去开拓方舟大厦，开始进攻房地产行业赢利。
倪光南院士再一次被成本狠狠地踹了一脚，他的一腔热血第二次被浇灭了。
从这一次开始，倪光南就再也没有跟大厂互助过。后来就涌现了臭名昭著的汉芯事宜，国家对付半导体行业的投入谨慎了许多，招揽人才也越来越难，倪光南跟他的方舟也在时期的发展中逐步退出了一线。
倪光南的助手梁宁，曾在《一段关于国产芯片和操作系统的往事》中写道：
我：“我们有自主知识产权的CPU,我们还有SoC的能力,这样,我们可以极大地把你要的功能集成，贵公司可以更灵巧地定义你产品的性能和体积。”
对方：“哎呀,对不起。我们没有能力基于一块CPU开拓产品原型。都是Intel或者他的 Design house做好公板,我们选一个，然后基于他们的公板我们再开拓。”
海内的自主芯片发展不起来，紧张的成分便是在市场竞争力上面打不过wintel同盟。Windows和Intel一个搞软件系统一个搞硬件研发，几十年的发展已经给这两个公司创下了许多技能壁垒并得到了极高的市场份额。
我国想要搞一个全新的自主架构和自建生态，去寻衅wintel同盟，这成功率实在太低了。
我国搞自主芯片研发的公司，便是北大众志、方舟科技、龙芯中科。在北大众志成立之前，北京大学就已经宣告做出了中国第一款完备自主研发的指令集跟架构UniCore，并研制了基于UniCore的16位CPU芯片。随后，北京大学成立全资校办企业北大众志，投入自主CPU和配套系统的研发中。
2002年，北大众志的首款国产32位CPU成功流片，命名为“众志-863”。随后，与其对应的操作系统也一并推出。
搭载众志CPU和自研系统的打算机，也在不久之后投入消费市场。投入市场之后，问题就涌现了，自研架构的CPU和系统在软件生态和兼容度以及用户体验上面根本打不过发展了几十年的wintel同盟。
随着后来的发展，北大众志也逐渐停滞了产品研发。
这三个公司里面现在只有龙芯发展的最好，不过龙芯的CPU大多数都是运用于军工科研和政企商用上面，北斗卫星、石油勘探、数控机床等领域都有搭载龙芯CPU的产品。
但是在消费者领域，龙芯的3a系列CPU跟Intel、AMD的产品差距还是很大，性能跟生态都要弱于英特尔和AMD，根本竞争不过对手。
倪光南院士本可以在自主芯片行业撕开一道豁口，但是由于接连受到利益的影响和成本的参与，活生生磨灭了他的斗志。虽然后来的龙芯CPU在市场上面活了下来，但是如果倪光南院士的方舟芯片可以连续研发，那么将会给海内芯片行业带来更广阔的发展前景。
