北美韶光9月1日,赛默飞发布了两款最新的NGS系统Ion S5 和Ion S5XL,旨在供应更加简捷的靶向测序流程。10月29日Ion S5测序仪的首批实验数据产生于阜外医院。阜外医院研究职员选用了主动脉基因疾病组合测序,该基因组合包括15个与主动脉疾病干系的致病疾病,研究职员通过文库构建——模板制备——上机测序三个大步骤末了得出了Ion S5的首批数据。
Ion S5以5“S”为紧张特性:Simple-最简捷的靶向测序流程,Scalability- 灵巧的通量选择,Speed-最快的测序速率,Small Sample Input-微量样本输入,Streamlined Data Analysis-流畅的数据剖析流程。那么Ion S5真实实验数据如何,研究职员将此批数据与Ion Torrent PGM数据做了比对,结果如下表所示:

该表格最显眼的便是测序韶光、总数据量、均匀深度以及总读数。

(1)测序韶光
Ion S5的第三个“S”为 Speed—最快的测序速率,实验数据显示IonS5的测序韶光为2.5小时,比Ion Torrent PGM系统所需韶光明显少2小时。
(2)总数据量
与Ion Torrent PGM不同,IonS5总数据量以G为单位,总数据量为1.15G,为Ion Torrent PGM总数据量的1.4倍旁边。
(3)均匀深度
测序的缺点率和假阳性结果与测序深度息息相关,随测序深度的提升而低落。IonS5系统均匀深度为449,比Ion Torrent PGM赶过128,由此可见IonS5系统测序缺点率和假阳性结果均低于Ion Torrent PGM。
(4)总读数
由比对数据可知,IonS5系统总读长为5995559个 Reads,比Ion Torrent PGM多出472592个Reads。
(5)旗子暗记值、均一性、均匀变异位点数目等
无论在旗子暗记值、均一性还是均匀变异位点数目,IonS5系统均优于Ion Torrent PGM系统。
研究职员还对该系统文库扩增效果进行了比对。本次试验中研究职员采取Ion ChefTM 仪器进行自动化测序模板的制备,试剂采取Ion 520TM & 530TM Chef试剂盒,芯片类型是Ion 520(与318芯片通量同等),起始文库利用量为60pM/25μL。经由与Ion Torrent PGM系统比对,研究职员创造Ion Chef在文库制备操作上更大略,针对长片段扩增效率更高。
终极,阜外医院对IonS5系统的首批数据下了三个结论:
1. Ion Chef在文库制备操作上更大略,针对长片段扩增效率更高。
2. Ion S5测序速率和剖析速率均比PGM快。
3. Ion S5数据的整体质量优于PGM。
备注:本文表格和数据来自阜外精准医学








