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赛默飞Ion S5首批数据公布玩爆前任PGM™系列_数据_体系

神尊大人 2024-11-29 13:31:13 0

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北美韶光9月1日,赛默飞发布了两款最新的NGS系统Ion S5 和Ion S5XL,旨在供应更加简捷的靶向测序流程。
10月29日Ion S5测序仪的首批实验数据产生于阜外医院。
阜外医院研究职员选用了主动脉基因疾病组合测序,该基因组合包括15个与主动脉疾病干系的致病疾病,研究职员通过文库构建——模板制备——上机测序三个大步骤末了得出了Ion S5的首批数据。

Ion S5以5“S”为紧张特性:Simple-最简捷的靶向测序流程,Scalability- 灵巧的通量选择,Speed-最快的测序速率,Small Sample Input-微量样本输入,Streamlined Data Analysis-流畅的数据剖析流程。
那么Ion S5真实实验数据如何,研究职员将此批数据与Ion Torrent PGM数据做了比对,结果如下表所示:

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该表格最显眼的便是测序韶光、总数据量、均匀深度以及总读数。

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(图片来自网络侵删)

(1)测序韶光

Ion S5的第三个“S”为 Speed—最快的测序速率,实验数据显示IonS5的测序韶光为2.5小时,比Ion Torrent PGM系统所需韶光明显少2小时。

(2)总数据量

与Ion Torrent PGM不同,IonS5总数据量以G为单位,总数据量为1.15G,为Ion Torrent PGM总数据量的1.4倍旁边。

(3)均匀深度

测序的缺点率和假阳性结果与测序深度息息相关,随测序深度的提升而低落。
IonS5系统均匀深度为449,比Ion Torrent PGM赶过128,由此可见IonS5系统测序缺点率和假阳性结果均低于Ion Torrent PGM。

(4)总读数

由比对数据可知,IonS5系统总读长为5995559个 Reads,比Ion Torrent PGM多出472592个Reads。

(5)旗子暗记值、均一性、均匀变异位点数目等

无论在旗子暗记值、均一性还是均匀变异位点数目,IonS5系统均优于Ion Torrent PGM系统。

研究职员还对该系统文库扩增效果进行了比对。
本次试验中研究职员采取Ion ChefTM 仪器进行自动化测序模板的制备,试剂采取Ion 520TM & 530TM Chef试剂盒,芯片类型是Ion 520(与318芯片通量同等),起始文库利用量为60pM/25μL。
经由与Ion Torrent PGM系统比对,研究职员创造Ion Chef在文库制备操作上更大略,针对长片段扩增效率更高。

终极,阜外医院对IonS5系统的首批数据下了三个结论:

1. Ion Chef在文库制备操作上更大略,针对长片段扩增效率更高。

2. Ion S5测序速率和剖析速率均比PGM快。

3. Ion S5数据的整体质量优于PGM。

备注:本文表格和数据来自阜外精准医学

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